Software ed Applicazioni
-
- Site Admin
- Posts: 7
- Joined: Mon Sep 30, 2019 11:52 am
Software ed Applicazioni
Categoria per discutere delle esigenze software
Questo forum è gestito dallo staff di INDACO
Questo forum è gestito dallo staff di INDACO
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gentili utenti del forum,
vi segnaliamo i seguenti aggiornamenti software sulla piattaforma INDACO
-Compilatori Intel 2019 5 update parallel_studio_xe_2019.5.075
https://software.intel.com/sites/defaul ... tes_EN.pdf
-R versione 3.6.1 con librerie Intel MKL per miglioramento prestazioni
-Tools per MicroRNA prediction:
Applicazioni Linux
MicroTAR http://tiger.dbs.nus.edu.sg/microtar/
Miranda http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do
miRDeppstar https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23221645
MirPlant http://www.australianprostatecentre.org ... e/mirplant
Per l’ambiente Windows (all’interno della macchina virtuale Windows server 2019)
-HomoTarget https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23174671
- miRNA Digger http://www.bioinfolab.cn/miRNA_Digger/index.html
-RNAhybrid 2.1.2
https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld. ... ual_manual
Come container singularity
ClustVis a web tool for visualizing clustering of multivariate data (BETA)
https://biit.cs.ut.ee/clustvis/
Julia
-Julia 1.2.0
-Julia pro 1.2.0-1
vi segnaliamo i seguenti aggiornamenti software sulla piattaforma INDACO
-Compilatori Intel 2019 5 update parallel_studio_xe_2019.5.075
https://software.intel.com/sites/defaul ... tes_EN.pdf
-R versione 3.6.1 con librerie Intel MKL per miglioramento prestazioni
-Tools per MicroRNA prediction:
Applicazioni Linux
MicroTAR http://tiger.dbs.nus.edu.sg/microtar/
Miranda http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do
miRDeppstar https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23221645
MirPlant http://www.australianprostatecentre.org ... e/mirplant
Per l’ambiente Windows (all’interno della macchina virtuale Windows server 2019)
-HomoTarget https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23174671
- miRNA Digger http://www.bioinfolab.cn/miRNA_Digger/index.html
-RNAhybrid 2.1.2
https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld. ... ual_manual
Come container singularity
ClustVis a web tool for visualizing clustering of multivariate data (BETA)
https://biit.cs.ut.ee/clustvis/
Julia
-Julia 1.2.0
-Julia pro 1.2.0-1
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software
FEniCS https://fenicsproject.org/
Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load fenics/2019
fenicsindaco parmetri
è disponibile su INDACO il software
FEniCS https://fenicsproject.org/
Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load fenics/2019
fenicsindaco parmetri
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software
Matlab R2019b https://it.mathworks.com/
Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load matlab/R2019b
matlabindaco progetto ore cpu memoria
è disponibile su INDACO il software
Matlab R2019b https://it.mathworks.com/
Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load matlab/R2019b
matlabindaco progetto ore cpu memoria
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gent. utenti del forum,
per i nostalgici di showq
sono disponibili su INDACO i tools per la visualizzazione dettagliata dello stato dei job (da https://www.tacc.utexas.edu)
showq
show_affinity
show_core_usage
Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load showq/tools
poi digitare uno dei 3 comandi sopra citati.
per i nostalgici di showq
sono disponibili su INDACO i tools per la visualizzazione dettagliata dello stato dei job (da https://www.tacc.utexas.edu)
showq
show_affinity
show_core_usage
Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load showq/tools
poi digitare uno dei 3 comandi sopra citati.
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gent. utenti del forum,
per garantire la riproducibilità dei tempi di esecuzione delle applicazioni ed evitare interferenze tra job di utenti diversi, alla fine della 42-esima settimana disabiliteremo l'hyper-threading.
per garantire la riproducibilità dei tempi di esecuzione delle applicazioni ed evitare interferenze tra job di utenti diversi, alla fine della 42-esima settimana disabiliteremo l'hyper-threading.
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
SPSS
Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software SPSS nella versione desktop .
E' possibile provare la macchina virtuale con il software SPSS ed utilizzare i processori disponibili digitando
module load omics/1
omics
Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software SPSS nella versione desktop .
E' possibile provare la macchina virtuale con il software SPSS ed utilizzare i processori disponibili digitando
module load omics/1
omics
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gent. utenti del forum,
sono disponibili su INDACO i container tensorflow da NVIDIA per utilizzo con GPU.
Maggiori informazioni su
https://www.indaco.unimi.it/index.php/i ... tensorflow
sono disponibili su INDACO i container tensorflow da NVIDIA per utilizzo con GPU.
Maggiori informazioni su
https://www.indaco.unimi.it/index.php/i ... tensorflow
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software STATA con licenza di prova per utilizzare 32 core
Per utilizzarlo caricare il modulo corrispondente nel seguente modo:
module load stata/16-32
e seguire le indicazioni del tutorial
https://www.indaco.unimi.it/tutorial/stata.mp4
A.
è disponibile su INDACO il software STATA con licenza di prova per utilizzare 32 core
Per utilizzarlo caricare il modulo corrispondente nel seguente modo:
module load stata/16-32
e seguire le indicazioni del tutorial
https://www.indaco.unimi.it/tutorial/stata.mp4
A.
-
- Posts: 26
- Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm
Re: Software ed Applicazioni
Installato il software MZmine nella versione 2.54
Istruzioni nella guida utente di INDACO
Istruzioni nella guida utente di INDACO