Software ed Applicazioni

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INDACOADMIN
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Software ed Applicazioni

Post by INDACOADMIN »

Categoria per discutere delle esigenze software

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alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gentili utenti del forum,

vi segnaliamo i seguenti aggiornamenti software sulla piattaforma INDACO



-Compilatori Intel 2019 5 update parallel_studio_xe_2019.5.075

https://software.intel.com/sites/defaul ... tes_EN.pdf





-R versione 3.6.1 con librerie Intel MKL per miglioramento prestazioni



-Tools per MicroRNA prediction:

Applicazioni Linux

MicroTAR http://tiger.dbs.nus.edu.sg/microtar/

Miranda http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do

miRDeppstar https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23221645

MirPlant http://www.australianprostatecentre.org ... e/mirplant



Per l’ambiente Windows (all’interno della macchina virtuale Windows server 2019)



-HomoTarget https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23174671

- miRNA Digger http://www.bioinfolab.cn/miRNA_Digger/index.html

-RNAhybrid 2.1.2

https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld. ... ual_manual





Come container singularity

ClustVis a web tool for visualizing clustering of multivariate data (BETA)

https://biit.cs.ut.ee/clustvis/





Julia

-Julia 1.2.0

-Julia pro 1.2.0-1
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software
FEniCS https://fenicsproject.org/

Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load fenics/2019
fenicsindaco parmetri
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software
Matlab R2019b https://it.mathworks.com/

Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load matlab/R2019b
matlabindaco progetto ore cpu memoria
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gent. utenti del forum,
per i nostalgici di showq
sono disponibili su INDACO i tools per la visualizzazione dettagliata dello stato dei job (da https://www.tacc.utexas.edu)
showq
show_affinity
show_core_usage

Istruzioni per l'uso sono le seguenti
module load showq/tools
poi digitare uno dei 3 comandi sopra citati.
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gent. utenti del forum,
per garantire la riproducibilità dei tempi di esecuzione delle applicazioni ed evitare interferenze tra job di utenti diversi, alla fine della 42-esima settimana disabiliteremo l'hyper-threading.
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

SPSS
Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software SPSS nella versione desktop .
E' possibile provare la macchina virtuale con il software SPSS ed utilizzare i processori disponibili digitando
module load omics/1
omics
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gent. utenti del forum,
sono disponibili su INDACO i container tensorflow da NVIDIA per utilizzo con GPU.

Maggiori informazioni su
https://www.indaco.unimi.it/index.php/i ... tensorflow
alessio.alessi
Posts: 26
Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Gent. utenti del forum,
è disponibile su INDACO il software STATA con licenza di prova per utilizzare 32 core

Per utilizzarlo caricare il modulo corrispondente nel seguente modo:

module load stata/16-32
e seguire le indicazioni del tutorial

https://www.indaco.unimi.it/tutorial/stata.mp4

A.
alessio.alessi
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Joined: Tue Oct 01, 2019 12:50 pm

Re: Software ed Applicazioni

Post by alessio.alessi »

Installato il software MZmine nella versione 2.54
Istruzioni nella guida utente di INDACO
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